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引用本文:刘 畅.一种新的序列集保守信号识别算法[J].软件工程,2017,20(8):17-20.【点击复制】
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一种新的序列集保守信号识别算法
刘 畅
(国网冀北电力有限公司秦皇岛供电公司,河北 秦皇岛 066000)
摘 要: 模体发现是计算机科学中的一个较为重要且具有一定挑战的问题,主要用于定位DNA序列集中的保守信 号。首先,分析了已有的基于图聚类的模体发现算法MCL-WMR,讨论了它存在的两个缺陷。其次,针对这两个缺陷 提出了MCL-WMR的改进算法iMCL-WMR。实验结果表明,所提DNA模体发现算法的时间性能好于所比较的算法 MCL-WMR和qPMS9,能够在1个小时以内处理数百条输入序列,而且能够应对某些输入序列不含模体实例的测试 数据。
关键词: 保守信号;模体发现;图聚类
中图分类号: TP301.6    文献标识码: A
A New Algorithm for Identifying Conserved Signals in Sequence Sets
LIU Chang
( Department of Information and Communication, Qinhuangdao Branch of State Grid Jibei Electric Power Company, Qinhuangdao 066000, China)
Abstract: Motif discovery is an important and challenging issue in computer science,mainly used to locate conserved signals in a set of DNA sequences.At first,a graph clustering based motif discovery algorithm MCL-WMR is analyzed and its two drawbacks are discussed.Then,in order to overcome the two drawbacks,an improved algorithm of MCL-WMR,named as iMCL-WMR,is proposed.Experimental results show that,with a better time performance than the compared algorithms of MCL-WMR and qPMS9,the proposed algorithm can process hundreds of sequences within one hour and deal with any case that some input sequences do not contain motif instances.
Keywords: conserved signals;motif discovery;graph clustering


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